Se accede por una puerta ornamentada  por herrajes con motivos mitológicos.

Antecede al oratorio, un sitio dedicado al bautisterio con pila bautismal en piedra de cantera labrada, Un vitral de origen belga, dos columnas coloniales, y dos oleos sobre madera que representan el bautizo de Jesús, copia  de Guido Reni.

En el costado izquierdo sobre una repisa colonial, encontramos una imagen de Cristo caído y atado a una columna. Talla colonial en madera de origen Boyacense

El espacio del Oratorio fue creado originalmente para este fin. Tiene doble altura,  y cielo raso en bóveda de artesa con dos repisas laterales de donde penden seis lámparas opalinas en cristal del siglo XIX. El cielo raso presenta una alegoría al sol y la luna, el principio y el fin. En la parte alta del  costado izquierdo se aprecia una pintura colonial peruana que representa a la santísima virgen sosteniendo el cuerpo de Cristo descendido y acompañada por San Juan, la Magdalena y un sequito de ángeles.

Para efectos del Museo se le adicionó el espacio colateral para colocar las imágenes que representan la Ultima Cena, tallas en madera policromada de  los apóstoles y que hacen parte de la recuperada Procesión del Lunes Santo, realización hecha por Luis Eduardo Ayerbe. La imagen del Señor que bendice el pan y el vino, es una talla articulada de origen español del siglo XVII cuya mascarilla es en aleación de plata y plomo policromada.

 En este sector se ilumina el techo, una lámpara votiva de origen español en bronce con brisero de bacarat.

El oratorio cuenta con  dos imágenes de Cristo. Una de Cristo  Agonizante y otra  del Descendimiento, obras realizadas en Popayán por Francisco Perugache, indígena yanacona de 23 años de edad. De la policromía  de éstas imágenes se encargó el artesano Rodrigo Alegría Hurtado, llamado el Oso, autor de la cruz que soporta al Agonizante.  Y De la dirección y proporciones  de estas mismas, se encargó el Arquitecto Luis Eduardo Ayerbe.

El cristo del Descendimiento es copia de uno igual que existe en la iglesia de la Magdalena de Sevilla España y que procesiona en esa ciudad. Está rodeado por 4 ángeles y 4 querubines con insignias del descendimiento y a  un lado están dos imágenes de  ángeles  con figuras de farol que representan a San Gabriel y san Uriel.  Del otro lado una imagen de vestir de Nuestra Señora de los Dolores, talla en madera de origen español con mascarilla de aleación de plata y plomo. Los accesorios de la virgen son una  Diadema y  un corazón con espada son en plata colonial  y una caja que lleva perfumeros y olieras para el embalsamiento del cuerpo de Cristo. Por  su parte, el Cristo en Agonía está ornamentado  con dos mariolas de bronce de origen francés.

En una hornacina de este oratorio encontramos el altar del calvario, conformado por cuatro imágenes de origen quiteño, y dos imágenes españolas de Dimas y Gestas en plomo fundido. Este altar está ornamentado  con dos columnas  talladas en una sola pieza de madera con capitel corintio y fuste salomónico.

Por último, se aprecia la mitra del Arzobispo Manuel Antonio Arboleda Scarpetta. Pieza de origen italiano con bordados en hilo de oro y piedras semipreciosas.